Le lycée Yasogami High accueille les deux casts pendant le festival culturel. Un labyrinthe inexplicable apparaît dans les couloirs et y emprisonne les héros : le joueur choisit entre la trame P3 (avec le MC de Persona 3 au centre) ou la trame P4 (avec le Protagoniste de Persona 4) et compose une équipe de cinq personnages piochés dans les deux groupes.
Le gameplay reprend la formule de la série Etrian Odyssey : exploration des donjons à la première personne, construction manuelle de la carte sur l’écran tactile de la 3DS, combats au tour par tour avec système d’affinités entre Personae. Le système Boost d’Etrian est ici renommé Boost Mode et accélère les compétences du personnage après un coup critique.
Le style graphique chibi, signé Soejima et l’équipe d’Atlus, donne au titre un ton léger par rapport à la série principale. La bande originale d’Atsushi Kitajoh inclut des arrangements de morceaux emblématiques de la saga et de nouvelles compositions originales.
Persona Q: Shadow of the Labyrinth a été suivi par Persona Q2: New Cinema Labyrinth (2018), qui intègre les protagonistes de Persona 5. Les deux titres restent des exclusivités Nintendo 3DS.
