Après les événements de Yakuza 5, Kiryu se retrouve en prison puis découvre à sa sortie que Haruka est dans le coma après un accident, avec un bébé mystérieux. Sa quête pour découvrir l’identité du père de l’enfant le mène de Kamurocho à Onomichi, une ville portuaire d’Hiroshima, dévoilant un complot impliquant les triades chinoises et un secret de la marine japonaise.
Yakuza 6 est le premier épisode à utiliser le Dragon Engine, offrant des environnements sans transitions de chargement, des combats physiques spectaculaires et une immersion accrue. Le système de combat est simplifié par rapport aux épisodes précédents, privilégiant la fluidité et les interactions environnementales.
Les mini-jeux incluent un simulateur de clan (Clan Creator) en temps réel, du karaoké, de la pêche sous-marine, du baseball et bien plus. Le jeu est célébré pour sa narration mature et son adieu émouvant à Kiryu, bien que le personnage soit ensuite revenu dans Like a Dragon Gaiden.
