Le système d’édition exploite le GamePad de la Wii U : chaque élément — blocs, ennemis, tuyaux, plateformes — se glisse sur l’écran tactile au stylet. Le joueur choisit parmi quatre styles graphiques et de gameplay : Super Mario Bros. (1985), Super Mario Bros. 3, Super Mario World et New Super Mario Bros. U.
Chaque style conserve son moteur originel : physique, hauteur des sauts, comportement des ennemis. Le joueur peut aussi combiner les objets de façon impossible dans les jeux d’origine, comme doter un Goomba d’ailes ou cacher un boss dans un bloc point d’interrogation.
Les niveaux créés sont publiés sur Course World, une plateforme en ligne avec notes, classements et défi 100-Mario Challenge. Nintendo propose en outre des Event Courses, niveaux officiels à durée limitée. Le jeu prend en charge les amiibo pour débloquer des costumes thématiques.
Mario Maker est l’un des titres phares de la Wii U et a donné naissance à Super Mario Maker 2 (2019) sur Nintendo Switch. La version 3DS, Super Mario Maker for Nintendo 3DS, est sortie en décembre 2016.
